El agua se ingiere como parte de la dieta, se utiliza para el riego de cultivos, para el lavado y limpieza de los alimentos durante su preparación y, además, es parte esencial en muchos productos alimentarios. La presencia de virus entéricos humanos (por ejemplo, norovirus humano, virus de la hepatitis A, etc.) en agua está bien documentada pudiendo representar una importante amenaza para la salud del consumidor. Actualmente, el control de virus entéricos humanos en aguas se basa en el uso de indicadores bacterianos los cuales, con mucha frecuencia, no se correlacionan con la presencia de dichos patógenos.

Recientemente, las técnicas de secuenciación masiva (NGS) han abierto una gran oportunidad para conocer a fondo la diversidad de las poblaciones microbianas y sin duda constituyen una buena herramienta para abordar la búsqueda de indicadores virales más adecuados.

El objetivo principal del proyecto es analizar el viroma (presencia y abundancia relativa de secuencias de virus, incluyendo fagos y virus entéricos humanos) de aguas residuales y aguas regeneradas utilizando NGS para determinar los patógenos virales que suponen un riesgo para el consumidor y seleccionar posibles indicadores de contaminación viral. En primer lugar, se optimizará el procedimiento para enriquecer las secuencias virales de muestras de agua.

Como material de partida, el grupo de investigación dispone de un elevado número de muestras de aguas residuales, aguas regeneradas y aguas superficiales, tanto positivas como negativas para norovirus humano, el virus de la hepatitis A y astrovirus humano. Dichas muestras se analizarán por NGS y, además, aplicaremos nuestra experiencia con reactivos de viabilidad (por ejemplo, propiodio o etidio de monoazida) incorporándolos como pretratamiento y combinándolo con la secuenciación masiva. De este modo, se podrá estimar no sólo el viroma de las muestras de agua, sino también su potencial infectividad y permitirá evaluar la eficacia de las plantas de tratamiento de aguas en cuanto a reducir la carga viral en aguas residuales. Por su parte, la determinación del viroma de las aguas posibilitará la identificación de nuevos virus patógenos emergentes así como la selección de uno o más indicadores significativos para predecir la presencia/abundancia de virus patógenos humanos en aguas (similar al uso de Escherichia coli asociado con la presencia de patógenos bacterianos humanos). Una vez determinados los indicadores, se pondrá a punto un procedimiento para la detección y cuantificación del indicador/(es) viral/(es), que podría ser susceptible de patente. Disponer de este procedimiento rápido y de fácil aplicación e implementación, permitirá realizar un control rutinario y efectivo de los virus entéricos, tanto en los laboratorios de control de calidad de agua y alimentos como en los de salud pública.